于崇祯而言，在诸多棘手难题之中，除了令人头疼不已的财赋困境之外，最为关键且紧要的便是军权的掌控。如何巧妙而有效地将那些骄兵悍将牢牢地掌控于自己的股掌之间，使其成为巩固大明江山的坚实力量，而非威胁统治的不安定因素，崇祯可谓是绞尽脑汁，费尽了一番心思。
为了能更为顺利地将兵权紧紧抓在手中，崇祯毅然决然地下令对早已形同虚设的五军都督府进行大刀阔斧的改革，将其改制为大都督府，期望以此为契机，重塑军事指挥体系，强化皇权对军队的绝对掌控力。
明朝立国之初，五军都督府的权力很大，各都督不仅负责管理卫所的训练与生产，还可参与到明朝中央军事决策中。但是五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。这就保证了皇权对兵权的掌控。
只是天有不测风云，土木堡之变这一重大历史变故如同一颗巨石投入平静的湖面，彻底打破了原有的军事权力格局，使之渐渐发生了根本性的改变。
在京师保卫战中，兵部尚书于谦挺身而出，以一己之力挽狂澜于既倒，扶大厦之将倾，成功击退敌军，保卫了京师的安全。此等丰功伟绩深深地铭刻在世人心中，也在无形之中给世人留下了一种深刻而强烈的印象：关键时刻，还是得依靠文官的智慧与力量。故而景泰帝登基之后，便任命于谦提督京营，自此，兵部的地位如日中天，开始迅速崛起，而五军都督府的权力则如夕阳西下，逐步走向衰落，渐趋式微。
随着时间的推移，局势愈发严峻，连卫所将领的选拔和更替、卫所士卒的操练等关键事务都被陆续收归兵部掌管，五军都督府的权力范围急剧萎缩，最后仅剩下管理军户户籍和屯田等寥寥无几的事务，往昔的辉煌早已不复存在，其地位已然一落千丈。待到后来，就连这仅剩的管理军户户籍和屯田的权力也被无情地收归兵部，至此，五军都督府彻底沦为一个徒有虚名、有名无实的空壳部门。
当然，造成这一局面的主要根源乃是明朝彻底由文武并重的政策导向转向了重文抑武的治国理念。这种转变虽在一定程度上维护了皇权的稳定，却也不可避免地滋生了一系列新的棘手问题：文官因地位的提升而轻视武将，武将则因备受压抑而对文官阳奉阴违，双方矛盾日益加深，犹如一道深深的裂痕，逐渐撕裂了明朝的军事管理体系，严重削弱了军队的战斗力与凝聚力。
在这种复杂而微妙的形势之下，文官的军事素养在很大程度上决定了军事局面的走向。文官看待战争更多地是从政治的宏观角度出发，注重战争背后的政治考量、外交影响以及国内局势的稳定；而武将看待战争则更侧重于军事的专业角度，着眼于战术的运用、兵力的调配以及战场的实际形势。故而当如卢象升、洪承畴、孙传庭等军事素养较高的文官活跃于军事舞台之时，明末的军事形势便能维持相对稳定的局面，军队在他们的指挥下尚有一战之力；然而，当他们或因阵亡沙场，或因战败被俘，相继退出历史舞台之后，明末的军事形势便如同失去了掌舵之人的航船，瞬间陷入急转直下的困境，并在不久之后便走向了灭亡的深渊，令人扼腕叹息。
以崇祯这一后世人的敏锐眼光与深刻见解来看，他内心深处自然是渴盼能拥有一批能文能武、智勇双全的将帅之才，这些将帅不仅要具备卓越的军事指挥才能，能够在战场上冲锋陷阵，克敌制胜，还需拥有一定的政治智慧与战略眼光，能够从宏观的角度把握战争局势，协调各方关系，使军事行动与政治目标紧密结合，相得益彰。而这，也正是他往后着力要着重培养的方向与目标。
为此，崇祯计划下一步计划开设皇家军校，通过系统而专业的军事教育，大量培养具备深厚军事素养的优秀军事人才，为大明的军队注入新鲜血液，重塑军事力量。
不过，他亦深知，培养军事人才并非一蹴而就之事，犹如培育参天大树，需历经岁月的洗礼与耐心的浇灌，绝非一朝一夕能够达成，仍需从长计议，精心谋划，稳步推进。
此次成立的大都督府对于崇祯来说，不过是应对当下局势的权宜之计。他企图借助大都督府这一全新的军事机构架构，进行全面而深入的军事集权改革，以达到将军权全面掌控在自己手中的终极目的。
大都督府下设中、左、右、前、后都督等重要职位，并设有都督同知等辅助官职，以构建起一套严密而高效的军事指挥体系。
黄得功因战功卓著，被任命为中军都督，封靖国公，加左柱国。黄得功在崇祯重登大宝的艰难历程中，可谓是功不可没。他凭借自身的威望与实力，全力支持崇祯迅速整合了江北四镇，为崇祯的复位之路奠定了坚实的军事基础，其功劳实至名归，当之无愧地成为中军都督的不二人选。
李来亨被任命为中军指挥同知，阎应元为指挥佥事，忠卫营由中军都督管辖，接替南京守备掌管南京城防务，肩负起保卫京城安全的重任，守护着大明的心脏地带。
黄蜚因在崇祯南下过程中的卓越贡献，被封为左军都督，封镇海伯，加太子太保。崇祯能够顺利抵达南方，并成功与黄得功取得联系，黄蜚在其中发挥了至关重要的作用，立下了汗马功劳。而随崇祯自天津出海的冯恺章则被任命为左军都督佥事，接替刘孔炤掌管南京江防，犹如一道坚固的水上防线，守护着南京的江域安全。
李成栋因归降之举，为崇祯收编高杰所部提供了有力支持，使得崇祯得以进一步震慑刘良佐，最终成功兵临南京城下，故而被封为右军都督，封武康伯，成为右军的统帅，肩负起重要的军事使命。
李若琏被任命为前军都督，镇守凤阳、寿州，负责进一步整合刘良佐的势力，犹如一把锐利的楔子，插入当地势力之中，以稳定局势，确保大明在该地区的统治秩序。
而此次幡然悔悟、暗中反水的汴城伯赵之龙，因有定策之功，得以晋升为侯爵，并被任命为后军都督。赵孟则任后军指挥同知，负责对京营进行整编工作，汰撤老弱，挑选精壮，重建勇卫营，力求打造一支精锐之师，重振京营昔日的雄风。
此外，崇祯还另设亲军卫，任命高文采为都指挥使，亲军卫的核心职能便是负责崇祯皇帝的人身安全，犹如皇帝身边的忠诚护盾，随时随地护驾左右，确保皇帝的安危万无一失。
朱戈依旧负责暗卫事务。亲军卫和暗卫合起来，在一定程度上继承了当初锦衣卫的部分职能，然而其权力却已被大幅削减，不再如往昔那般权势滔天，以避免权力过度集中而引发的种种弊端，确保权力在合理的框架内运行。
对于刘良佐的处置，崇祯经过反复权衡与深思熟虑，最终决定赐予其虚爵，由广昌伯升为广昌侯，将其留在南京恩养起来，使其远离军事权力核心。这就如将一头猛兽关进笼子，虽给予其一定的待遇，却剥夺了其兴风作浪的能力。而高杰则因种种原因，被崇祯贬职去官，永不叙用，以儆效尤。
刘泽清此次所带的万余人马已然放下武器，接受整编。然而，在淮扬地区仍有部分忠于他的心腹手下，这些残余势力犹如隐藏在暗处的暗流，稍有不慎便可能引发局部动荡，危及大明的稳定。为了避免这种情况的发生，崇祯与刘泽清达成协议，只要他能够积极配合做好军权的移交工作，便可以赦免其死罪，以和平稳定的方式解决这一潜在危机，犹如巧妙地化解了一颗随时可能引爆的炸弹，确保了局势的平稳过渡。
除了上述这些将领之外，如今手握重兵的当属左良玉。然而，崇祯对左良玉却毫无好感可言，此人一贯骄横自恣，目空一切，全然不听从朝廷的调遣指令，已然成为一个拥兵自重、割据一方的军阀。他在其辖区内肆意妄为，勇于虐民，搜刮民脂民膏，搞得民不聊生，而在面对真正的大战时却又胆小怯懦，畏敌如虎，毫无军人之勇与担当。
历史上，他在面对李自成率领南下的大顺军时，不敢与之正面交锋，却假借一个来历不明的太子密诏，以清君侧的名义出兵南京，讨伐马士英。更为甚者，临行之时，他竟然丧心病狂地下令把武昌居民屠戮一空，并扬言“不留一物与贼”，其残暴行径令人发指，天理难容。而他的南下之举，吸引了江北三镇的兵力前去抵御，使得此时南下的满清豫亲王多铎有机可乘，趁机攻下了南京，给大明王朝带来了沉重的打击，加速了其灭亡的进程。
崇祯深知，无论自己如何对左良玉加赏封官，也难以换取他的忠诚与效力。更何况，如今左良玉所占据的武昌乃是大明防御体系中的一个至关重要的战略节点，此地关乎大明的生死存亡，必须要掌握在能够绝对信任的人手中。
在崇祯的计划中，待布置好南京沿江的防御之后，下一步要对付的便是左良玉这一棘手难题。故而此次的封赏名单中，对左良玉自然是只字未提，仿佛他已然被崇祯从大明的军事版图中暂时遗忘，实则是在暗中谋划，等待合适的时机对其动手，以彻底解决这一心腹大患。
而在朝堂之上，崇祯的动作相对较为谨慎，幅度不大。如今的朝堂局势尚算清正廉洁，除了马士英等少数几人，如今在重要职位上任职的大多都是比较清廉且颇具能力的大臣，如高宏图、姜曰广、王铎等等。在人员安排方面，崇祯只是对现有的人员进行了些许的微调。
史可法因功勋卓著，被加封为文华殿大学士、少保，兼大都督，入阁办事，其地位与权力得到进一步提升，成为崇祯在朝堂之上的得力助手，肩负着更为重大的责任与使命。
高宏图、姜曰广、王铎、刘宗周等人虽然此前并未被罢官，然而在之前的政治格局中却被逐渐边缘化，淡出了权力中心。此次，崇祯决定将他们召回重用，以充分发挥他们的才能与智慧，为大明的复兴贡献力量。
同时，崇祯还召回了致仕回家的张慎言，任命其为东阁大学士兼兵部尚书，入阁办事，充实朝堂的智囊团队，为大明的决策层注入新鲜血液。
当初一力将崇祯从天津护回来的原天津巡抚冯元飏，自抵达庙湾军营后便身体欠佳，疾病缠身。如今，他告老还乡回到老家养病，崇祯念其护驾之功，对其颇为礼遇，准其所请，使其得以安心调养身体。
追随崇祯自京城逃出来的兵部主事金铉则因忠诚与能力得到崇祯的赏识，被升为兵部右侍郎。
原东阁大学士、兵部尚书马士英，兵部右侍郎兼右佥都御史阮大铖、南京右府提督操江兼巡江防刘孔炤以及勋贵灵璧侯汤国祚，因意图联合刘泽清对抗朝廷，犯下谋逆大罪，皆被打入天牢，家产充公，等候崇祯的最终发落。他们的倒台，犹如一场及时雨，清洗了朝堂之上的污垢与阴霾，为大明的政治清明扫除了障碍。
剩下的官员中，除了个别攀附弘光帝的官员被清理出朝堂之外，其他一概维持原状，不动声色。如此这般精心安排下来，虽然朝野之中也难免会有些许不满的声音悄然传出，犹如平静湖面上泛起的几缕涟漪，但总体而言，朝堂局势却得以稳定下来，犹如一艘在狂风巨浪中历经颠簸后终于找到避风港湾的航船，暂时恢复了平静与安宁。
只是，这对于崇祯来说，却不过仅仅是一个新的开始而已。他深知，前方还有无数的艰难险阻等待着他去攻克，还有诸多的问题亟待他去解决。
但崇祯毫不畏惧，他心怀壮志，决心以坚定的信念与顽强的毅力，带领大明王朝在这风雨飘摇的乱世中砥砺前行，力求实现大明的复兴与繁荣，重现昔日的辉煌。
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