分类地位番茄起源中心是南美洲的安第斯山地带。在秘鲁、厄瓜多尔、玻利维亚等地仍有大面积野生种的分布。茄属分为有色番茄亚种（Eulycopsic）和绿色番茄亚种（Eriopersicon）。前者果实成熟时有多种颜色，后者果实成熟时为绿色。茄属由普通栽培种番茄及与栽培种番茄有密切关系的几个种组成，大体上又分为普通番茄和秘鲁番茄两个复合体种群。普通番茄群中包括：普通番茄、细叶番茄、奇士曼尼番茄、小花番茄、奇美留斯凯番茄、多毛番茄；秘鲁番茄群中包括智利番茄和秘鲁番茄。学名争议番茄是茄科的一员， 在1753年林奈的著作《植物种志》（Species Plantarum）中，番茄的生物学二名法被注释为“Solanum Lycopersicum”，其种的名称“lycopersicum”被解释为“wolfpeach”，其中“wolf（狼）”来自“lyco”，“peach（桃子）”来自“persicum”，意思是“狼桃”，源自日耳曼狼人传说，传说中，巫师和巫婆在药水中使用致命的茄子（颠茄）把他们自己变成狼人，番茄是一种近似于颠茄但比颠茄大一些的果实，所以当番茄来到欧洲的时侯被叫作“狼桃”。然而，番茄的学名在历史上曾经多次更动。最早的学名“Solanum Lycopersicum L.”由林奈所起，他认为番茄属于茄属（Solanum）。但1768年，菲利普·米勒（Philip Miller）认为番茄应当自成一属，属于番茄属（Lycopersicon），定名“Lycopersicon esculentum Miller”，“esculentum”源于“edible（可食用的）”，即“可食用的狼桃”，其使用颇为广泛，于1983年成为保留名称（期间也出现保留种名的“Lycopersicon lycopersicum”的用法），且在部分分类法中，若马铃薯和番茄不在同一属，则番茄用此学名。1990年开始的系统解析与分子生物学证据表明，正如林奈分类法，番茄和马铃薯分为同一属是正确的，番茄的学名应为“Solanum Lycopersicum”，属于茄属，而“Lycopersicon”和“番茄属”的持续使用只能以方便和维护命名稳定性为由。番茄属后改为番茄组（Solanum sect. Lycopersicon），属于茄属马铃薯亚属（S. subg. Potatoae），后因分子遗传学的进步，又被并入茄属内。在植物学方面，番茄作为茄科模式植物备受瞩目。Micro-Tom是一种模式矮生小番茄，可在实验室中培养。2011年5月，中国与荷兰科学家共同发起了"100个番茄基因组研究计划"。2012年5月，栽培番茄全基因组的精细序列分析宣布完成。名称语源汉语与方言番茄作为一种蔬菜在中国得到推广种植是很晚的事情，仅有一百年左右的历史。番茄大约于明万历年间传入中国两广地区，并向若干地区传播，不过种植并不普遍，或作观赏或作药用，叫名也比较统一，即“六月柿”或“番柿”，其中“番柿”在传播过程中已产生了“西番柿”、“番柿子”、“西番柿子”、“西方柿”、“西梵柿”等不同的变体。目前所知最早记录这一外来物种的是明郭子章万历年间巡抚贵州时所作的《六月柿》诗及小序。19世纪中期，浙江出现了“洋柿”的叫法。
“番茄”一词最早可追溯到元王祯《王祯农书》，但指的是茄子的一个品种，跟西红柿无关。首次明确用“西红柿”指“tomato”的是张德彝的《航海述奇》（1868），而指“tomato”的“番茄”一词则首次出现于英人傅兰雅（John Fryer，1839~1928）在上海创办的中国最早的自然科学期刊《格致汇编》（1876），两者相距还不到10年，因此可以说它们几乎是同时产生的新词，只不过地域不同，一个在京畿地区，一个在上海地区。此外，尽管“番茄”一词产生于上海地区，但仍属共同语的范畴，而非方言词。在现代汉语中，“番茄”为书面语，优势词形除了“番茄”还有“西红柿”和“洋柿(子)”，“蕃茄”为异体字写法，草字头的“蕃茄”在除了中国以外的华人地区中都非常常见。番茄的“番”这个字源自其外来之义，同番石榴、番麦等，亦作草字头的“蕃”，换言之番茄的意思就是“外来的茄子”，西红柿的意思则是“西方来的红色柿子”，但这不符合现代科学的分类。值得注意的是，西红柿并非柿子（学名：Diospyros kaki Thunb.）。同样情况出现在中文的“土豆”及“地瓜”身上。“番茄”是随着五口通商（1842）而新生的叫法，属于晚清植物学家在接触西学后的知识创造，主要通行于广大的南方地区。“西红柿”则是同时期产生于京畿地区的新词，湘赣闽地区晚近引种西红柿后也接受了这种说法。“洋柿(子)”是晚清时期东北地区从俄罗斯引种西红柿时兴起的叫法，在北方地区颇成势力，亦有种种变异。汉语方言中，番茄叫法众多。《汉语方言地图集》(LACD) 词汇卷022图“西红柿”描写了930个汉语方言点的番茄词形及其地理分布，并把930个汉语方言点西红柿的说法归为5大类65小类（后重分为7大类58小类）。例如：在天津，番茄被称作“火柿子”。在中国澳门，过去人们会将番茄称作“大孖地”，来源于葡语“tomate”。少数中国台湾北部人将番茄称作“臭柿仔”。此外，闽台地区的“柑仔得”、“柑仔蜜”也颇值得注意，它们是菲律宾他加禄语“kamatis”的音译及流变。
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