相反一些比较机灵的流寇干脆躲进了南京百姓家中。当然躲是躲不过的，他们不知道的是毛钰深受网格化管理和暂住证的影响，对于外来人员的排查是别有心得。所以很多人就被揪出来，许多人被发现的时候往往挟持了当地百姓，结果自然被燧发枪一枪撂倒。
孔有德也终于赶到了，他留下了一个师在湖州，中途还跟李自成的队伍碰了面，不过只是一些零星的农民军想要趁机劫掠的，看到孔有德的军队自然屁滚尿流，孔有德也没有耽误。等到天亮抵达南京之后就接到了命令，接替陈继盛看守四门。陈继盛的军队随即加入清剿农民军的行列。四万多人的正规军进入南京城，整个额南京城当时就稳稳当当了。
到这个时候南京城内农民军的数量已经大致上和毛钰军队人数差不多。于是一场一面倒的屠杀开始了！陈继盛和尚可义、毛承福都秉承了毛钰锻炼队伍的方针，让六万将士在南京城内冲杀，几乎人人手上都沾满了血。许多没有杀过人的士兵在呕吐出肠胃里所有的东西后被长官要求清理战场，将那些没有死透的农民军补上几刀！
队伍推进很慢，却很有成效，基本上所到之处马上恢复秩序，枪声由远到近，再由近到远，追着农民军跑。许多南京的幸存的老百姓知道这是毛钰军路过，胆子大的也开始打开屋门看看外面什么情况，然后他们就看到了毛钰军将士那高大坚挺的背影和抱头鼠窜的农民军，所有人明白这才应该是官兵的样子！
许多幸存的乡绅的私兵也开始加入了毛钰的队伍。甚至一些普通百姓家的青壮在父母和妻子的要求下也加入了反击流寇的队伍。
从天亮持续到太阳西斜，剩下的三万农民军终意识到他们的闯王抛弃了他们，他们被毛钰的军队包围在了城内。毛钰用全城百姓走诱饵给他们来了一个稳重桌别！如今更是发动全程百姓，派遣数倍的军队围剿，他们那里还有活路。
毛钰当然不是用全南京百姓做诱饵，他是没想到冯铨等人那么果断，刚想好就直接开门揖盗。但是对于那些丧失了胆气的农民军来说不重要了，重要的是毛钰准备给他们一条生路。
放下武器听从毛钰的安排是如今剩下的人最明智的选择。至于财宝，除了跟着闯王离开的人得到了他们的这一天辛苦劫掠来的钱财自然要归毛钰。这是毛钰的一贯做法。等待他们的可能是去矿井挖矿，也可能是去流云岛甚至南洋，不过总比几发子弹射杀来的好。
最终十几万农民军入城，毛钰四面合围、中心开花，将十几万农民军消灭的七七八八，李自成带走了两万五，最后投降的有三万，剩下四五万人在和南京百姓的博斗争死亡一部分，大部分则是死在皇城和国昌隆南京总部前面。整个额南京城充满了血腥，也让所有的南京人一夜惊醒，原来闹腾了十几年的流寇就这么轻易地进入了南京。
几乎所有人对于冯铨和徐鸿基之流自然是深恶痛绝，而毛钰很快也给出了大家答案，在确定高宏图、马士英等人安全之后，立即组织人手对投降派冯铨和徐鸿基等人进行抄家，所有的南京城内幸存的守军全大概三千人部没人鞭笞十下之后全部扔到江北去。至于后来从城内搜捕出来的一千多人则一律斩首，因为这些人不但临阵脱逃还很有可能参与了流寇洗劫百姓的行为。
很快冯铨就下不出来了，因为抄家的时候遭遇了剧烈反抗，尤冯铨家私兵大约五百人，被解决之后从家中光是抄出现银六十万两，南京城外良田二十万亩。府中库存粮食两万石，如果他坚持守城，李自成一日不破，他是能够坚持到最后的少数人。
魏国公徐洪家更是夸张，光是私兵就有两千人，这也避免了他们家被涌进来的流寇洗劫，便宜了毛钰。徐鸿基想过毛钰很霸道，没想到上来直接开打，还动用了10门步兵炮，直接将徐鸿基的府门红开，然后整整一个师的军队从四面攻入徐府。两千多私兵被屠杀带进，偌大的国公府除了私兵至少还有上千仆从，毛钰稍微加以甄别之后，除了徐家亲眷其余的人放了。家产和府邸自然是充公了。徐鸿基本人则作为农民军进城的罪魁祸首被枭首示众，和冯铨那面目全非的头颅一起挂在南京城的北门！
高宏图一脸苦涩地看着毛钰在城内胡作非为，他没有阻止，毕竟李自成的农民胡作非为针对的是全城百姓，仓促之间对于徐鸿基这样的大户其实是没什么好办法的。毛钰却反过来了，每天都有谁家被抄的消息传出来，菜市口更是每半个时辰就有罪大恶极的南京官员被斩首！
然后高宏图就发现事情朝着他不愿意看到的方向发展。在稳定了南京城之后，毛钰还在城内留下了尚可义和毛承府的两个军，并且开始清理那些平时为官还算靠谱的官员。高宏图和马士英下岗了！
因为毛钰宣布南京留守衙门为总督衙门所在，封存皇城。所有的原南京留守官员以及南直隶官员全部去江北自行找地方办公。
不是高宏图等人胆小，而是李自成的两万五千人和张献忠的三万人以及罗汝才都逃到了江北，李自成在归德，张献忠、罗汝才等人在江北总共加起来还有七万人。如果集结起来还是有十几万的，加上他们属于流寇一路沿途裹挟百姓加入，队伍旬日之间就可能装大好几倍。现在让他们去江北不是送菜吗？
毛钰的态度也很坚决，不去江北住在南京也可以，但是薪俸是没有的，想要领工钱就必须通过毛钰的招聘，一般的小官吏还可以投靠毛钰重新做官。如高宏图、马士英等人是不可能直接投靠毛钰的。所以他们就下岗了。也有一些不服毛钰的先是找毛钰理论，见到毛钰油盐不进便联名上书朝廷要求毛钰重新恢复留守衙门。
毛钰没空理睬他们，不但南京留守衙门没了，江南四府也是必须重新委任官员的，松江府平日里和毛钰就亲近，从知府到知县基本上可以留任。剩下的就算亲近毛钰的也必须换个地方。至于那些对毛家有敌意的自然就是直接下岗。
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