送走那两个政府的人后，宋博文在下班后将研究院的所有人都召集到会议室开会。宋博文将国家科学技术管理委员会跟他说的话，向大家又讲述了一遍，说明了项目的缘由，经费来源，呈清了利弊，然后让大家自主选择。结果出乎宋博文意料的是，研究院里大部分研究人员都愿意跟随宋博文，一同参与到“海菲默”研究项目中，这其中便有宋博文的助理伊恩?格里夫，另外只有少数几个人要求继续留在学校研究所工作，宋博文自然也没有勉强他们。
一切人员安排好之后，宋博文告别了林玉霞，带着他的团队到了新的项目研究基地。宋博文害怕林玉霞担心，并没有过多地同她讲“海菲默”项目的信息。到了新的研究基地，宋博文更是夜以继日，全身心地投入到工作之中，从那之后，他便更少回家了。
看到这里，宋明宪心里想道：原来父亲参加这个项目也是被胁迫的，并不是出于他自愿的。然而，宋晓君看到的这些场景，跟乔纳之前同他讲述的几乎完全吻合。所以，这些更加印证了之前乔纳对他说的都是真的。
宋博文在新的研究基地一工作就是十年。在这十年里，宋博文仅回过家几次。
随着年事渐高，林玉霞便找机会同宋博文商量，说她要回国去与宋明宪同住，宋博文想都没有想一口便答应了。林玉霞见宋博文一口答应了她的请求，都没有挽留她便心灰意冷，没再同宋博文说话，待宋博文回到研究基地后，她便收拾好行李回中国去了。
事实上，宋博文并不是无情，没有挽留林玉霞，而是因为他并不知道自己的研究项目何时才能够完成，宋博文知道自己也无法抽出身来陪她和照顾她，他明白林玉霞回中国去同儿子宋明宪一起生活，是再合适不过的了。只是，宋博文不知道，自己什么时候才能与林玉霞再相见，他更不知道的是这一别他们之间竟是永别了。
宋博文研究的项目便是对人脑信息的输出、复制、解读、写录和重新再输入，以实现人类在神经层面的信息交换，提高交流的准确率和效率。研究开展到第七年的时候，“海菲默”项目研究进入瓶颈期。宋博文他们之前的研究一直局限于脑神经和脑电波方面，通过研究，宋博文他们发现脑电波的输出、复制、写录和输入在理论上都是可以实现的，但是唯独解读这一环节没有好的办法解决。脑电波本质上是脑神经回路里的生物电，生物电具有不确定性，无法像电脑程序一样进行编码和解译，从而使得研究在解读环节出现阻碍。经过大半年的研究，宋博文的团队都没有任何进展。
有一天傍晚，经过几个通宵没合眼后，宋博文终于坚持不了，趴在办公桌上睡着了。在那不到两个小时的睡眠里，宋博文做了一个非常奇特的梦。宋博文梦到自己独自一人坐在美国西部大峡谷中，一根近乎圆柱体，只容得下一个人站立的石柱顶端，石柱高高地耸立在大峡谷中，他可以看到整个峡谷的全貌，但他不敢往下看。而此时没有太阳，天空中飘着一层如纱一般薄薄的云。
那个梦是如此的真实，以至于宋明宪和宋晓君都止不住地颤抖，电脑上显示他们两的血压升高，心跳加快。
突然，他听到有一个浑厚的声音远远地从天空中传来：“你知道自己有罪吗？”宋博文愣了，看着天空四下张望，不知道是怎么回事。
那个声音又重复了一遍：“你知道自己有罪吗？”
宋博文低下头，害怕地说：“我知道！”
“说说看！”那声音说。
“我没有尽到一个丈夫和父亲的责任，我不是一个好丈夫，也不是一个好父亲！”宋博文回答说。
“不对！”那声音道。
“我屈从于自己的心意，替政府做事？”宋博文又想了一会儿说。
“还是不对！”
宋博文转动着眼珠，上天空中张望着，好一会儿才胆怯地说：“那是？”
“我们曾经竟然是如此的愚蠢……”那声音空旷而醇厚，在广阔的大峡谷中慢慢地消散退去。
宋博文抬头一看，天上的云被突然被风搅动着，迅速地形成两股平行的，旋转的云，停留了一会儿后，旋转的平行云层又再次散开去。
宋博文一下子从梦中惊醒，嘴里不断地说着：“我有罪！我有罪……”好一会儿，他才清醒过来，发现自己还在办公室里面。
“原来是一个梦！”宋博文自言自语道，“但是……”
但是那个梦却那么的清晰，那层叠的峡谷，那柱状的山，还有那飘动的云。宋明宪和宋晓君都惊出了一身冷汗。
“云！”宋博文突然大声喊道，然后欣喜地从椅子上跳了起来，翻看其自己之前的研究资料来。
“DNA双螺旋……”
“四碱基……”
“腺嘌呤……”
“鸟嘌呤……”
……
宋博文嘴里自言自语地念叨着，他又一晚上没有休息。
第二天一早，他便将自己昨天晚上的发现同研究基地的同事们讲：“DNA的结构是天然的四进制，由DNA的四种碱基进行编码，然后进行表达，模拟生物电信号，比起人工编码的复杂性，信息的不完整性来说，要优越太多了……”
“这确实是一个很好的思路啊！”
“那我们就试着朝这方面进行研究吧！”
宋博文的同事们也都惊喜地说。于是，他们很快便投入到工作中，沿着宋博文新发现的思路进行研究。很快他们的研究便有了较大的进展，很好的解决了脑电波信息进行生物解读的问题。至此，在宋博文的带领下，研究基地实现了人脑信息的输出、复制和解读等正向过程，他们便继续对人脑信息的输入和写录等逆向过程进行进一步的研究。
这一研究，又是6年过去了。
此时，宋博文已经67岁了，早已过了花甲之年。他大部分的时间都花在工作上，几乎都是在研究基地度过的。随着年纪越来越大，他也越发地思念家人。于是，宋博文一有空便同林玉霞写信，所说的也都是一些生活琐事。他会告诉林玉霞自己的近况，还有研究基地的一些趣事，也会打探林玉霞和家人们的情况，表达思念之情。随着年岁增加，加之平时思念愈重，这个时候的林玉霞身体状况其实已经大不如前，越来越不好了，但是她在信中并没有告诉宋博文，只是叮嘱宋博文要：“你我都上了年纪了，要多加注意身体，照顾好自己，不要以为自己还年轻，继续逞能。”
在1993年10月22日，农历重阳节的前一天，林玉霞先宋博文而去，享年64岁。林玉霞的突然离去，让宋明宪一家人非常地悲痛，宋博文放下手中的一切事情张罗母亲的葬礼。
宋明宪囿于对父亲的成见，开始的时候并没有打算通知宋博文母亲去世地消息，但是在妹妹宋淑云的劝说下，为了不给宋博文留下遗憾，他还是给圣斯坦大学打了一个电话。结果宋明宪被告知宋博文已经很久不在那里工作了，他又辗转联系到宋博文以前在圣斯坦大学的同事，同和宋博文在研究基地的杰弗里?克拉克，请他务必将林玉霞去世的消息转告宋博文。杰弗里也确实将林玉霞去世的消息亲口告诉了宋博文，而且宋明宪之后还打电话过去向杰弗里确认过。但是，在林玉霞的整个葬礼中，宋博文始终都没有出现，这便是宋明宪一直怨恨宋博文的最主要的原因。从那之后，宋明宪便深深地记恨宋博文，从心底黯然已同宋博文断绝了父子关系，决定再也不会找他，联系他了。而从那之后，宋博文也像消失了一般，音信全无。
那一年宋晓君才10岁，他也比较清楚地记得当时奶奶葬礼的情况，但在他的记忆之中并没有爷爷的身影。
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